Apikal rezeksiyon yapılacak olan diş, klasik bir diş dolgusu ya da diş çekimi işleminde nasıl uyuşturuluyorsa aynı şekilde lokal anestezi ile uyuşturulur.
Diş kökündeki lezyonun büyüklüğüne, diş kökünün harabiyet derecesine göre kök ucundan ya da diş ile diş etinin başladığı yerden itibaren kemik yüzeyi açılır, kök ucundaki iltihabi doku bakterilerin yok edilebilmesi için temizlenir. Komşu dişler de durumdan etkilenmişse, onların da tedavi edilmesi gerekmektedir.
Enfekte bölge tamamen temizlenip, diş kök ucunun dolgusu yapıldıktan sonra dikiş atılır. Dikişler rezorbe olan yani kendiliğinden emilen ipliklerle atılmazsa, 7 gün sonra alınır.